Sono situate nella zona di Ħal Bajjada a Rabat, che a quei tempi era nota come Tad-Dlam. Nell'area ci sono più di 30 ipogei, di cui quello principale è situato dentro il gruppo di San Paolo e comprende un intricato sistema di passaggi interconnessi e tombe che coprono un'area di oltre 2.000 metri quadrati.

Il nome Rabat viene dalla parola araba per sobborgo perché era il sobborgo dell'antica capitale Mdina. Rabat ospita le famose Catacombe di San Paolo.

Queste catacombe furono usate in epoca romana per seppellire i morti, perché secondo la cultura romana non era salubre seppellire i morti nella città di Mdina, e alcune parti di Rabat erano costruite sopra l'antica città romana.

Una parte delle Catacombe di San Paolo, accessibile dalla Chiesa Parrocchiale e dedicata allo stesso santo, è ritenuto il luogo dove secondo la tradizione e come descritto nella Bibbia, San Paolo vi rimase per tre mesi quando naufragò sull'isola.

Il complesso sembra sia stato abbandonato ed anche saccheggiato, durante il periodo saraceno, quando le usanze di sepoltura cambiarono drasticamente per accomodare le pratiche dei nuovi governanti. Una parte delle catacombe era riutilizzata durante la ri-cristianizzazione dell'isola, all'incirca del XIII Secolo, quando degli spazi aperti vennero ritagliati per essere usati come tempio cristiano e decorati con gli affreschi.

Nonostante che siano più piccole se comparate con le catacombe di Roma e di altri grandi centri romani, le catacombe di San Paolo sono un buon esemplare dell'architettura sotterranea maltese che è il risultato di uno sviluppo indigeno che fu a malapena influenzato dalle usanze oltremare.