Première résidence des chevaliers de Saint-Jean aux XVIe et XVIIe siècles, les palais, les églises, les forts et les bastions des Trois Cités sont bien plus anciens que ceux de La Valette. Les entrées de leur port sont utilisées depuis l'époque phénicienne. C'est le Grand Port qui a incité les Chevaliers à s'installer dans cette région. Le commerce et le contrôle du port étaient d'une importance capitale.
Les Phéniciens, les Grecs, les Romains, les Byzantins, les Arabes, les Normands, les Angevins, les Aragonais et l'Ordre de Saint Jean ont tous contribué au développement de Birgu. La ville a été fortifiée dans les années 1530 et renforcée dans les années 1550 en vue d'une attaque de l'Empire ottoman. Cela comprenait la construction du château de Saint-Ange, une grande fortification séparée de la ville par un canal étroit, à la place de l'ancien Castrum Maris. Le château était relié à la ville par un pont-levis.
Birgu a été le théâtre de batailles majeures entre les Chevaliers et l'Empire ottoman pendant le Grand Siège de Malte en 1565. Après quatre mois de défense efficace par les Chevaliers, la ville a été presque capturée par l'armée ottomane en août, mais elle a été reprise par les Chevaliers sous les ordres du Grand Maître Parisot de Valette. Des renforts venus de Sicile sont arrivés un mois plus tard, et le siège a été abandonné par les Ottomans. Après cela, une nouvelle capitale fut construite sur le mont Sceberras, portant le nom de La Valette. En 1571, les Chevaliers ont transféré leur couvent et leur siège dans la nouvelle capitale et Birgu a perdu une partie de son importance. Malgré cela, après le siège, Birgu a reçu le titre de Ville de Vittoriosaqui signifie "ville victorieuse" en italien.
Elle est habitée depuis le néolithique. Ses installations maritimes ont commencé à l'époque antique, vers l'ère phénicienne, environ 600 avant JC. Avant le XVIIIe siècle, elle était connue sous le nom de Bormla, un nom qui est toujours utilisé. Ses murs de fortification ont été construits pour protéger la ville et ses voisins, Birgu et Isla. Bormla, avec ses six kilomètres de fortifications, abrite une impressionnante église paroissiale avec un oratoire rempli d'œuvres d'art.
Elle est également appelée Civitas Invicta car elle a réussi à résister à l'invasion ottomane. L'île sur laquelle se trouve Senglea a été reliée à Birgu par un pont terrestre à l'époque des Chevaliers de Saint-Jean, ce qui lui a donné une forme péninsulaire. Pendant la Seconde Guerre mondiale, Senglea a subi de lourds bombardements qui ont dévasté la plupart de la ville et tué un grand nombre de ses citoyens. Isla abrite deux églises étonnantes (à savoir St Philip et Our Lady of Victories) et possède un joli jardin à son extrémité qui surplombe Grand Harbor où vous pouvez trouver un bel exemple de poste de surveillance de Gardjola.