Como primer hogar de los Caballeros de San Juan en los siglos XVI y XVII, los palacios, iglesias, fuertes y baluartes de las Tres Ciudades son mucho más antiguos que los de La Valeta. Sus ensenadas portuarias se utilizan desde la época fenicia. El Gran Puerto fue lo que hizo que los Caballeros se establecieran en esa zona. El comercio y el control del puerto eran tremendamente importantes.
Fenicios, griegos, romanos, bizantinos, árabes, normandos, angevinos, aragoneses y la Orden de San Juan contribuyeron al desarrollo de Birgu. La ciudad fue fortificada en la década de 1530 y reforzada en la de 1550 como preparación para un ataque del Imperio Otomano. Esto incluyó la construcción del Castillo de San Angelo, una gran fortificación separada de la ciudad por un estrecho canal, en lugar del antiguo Castrum Maris. El castillo estaba conectado a la ciudad mediante un puente levadizo.
Birgu fue escenario de importantes batallas entre los Caballeros y el Imperio Otomano durante el Gran Asedio de Malta en 1565. Tras cuatro meses de exitosa defensa por parte de los Caballeros, la ciudad estuvo a punto de ser capturada por el ejército otomano en agosto, pero fue reconquistada por los Caballeros al mando del Gran Maestre Parisot de Valette. Un mes más tarde llegaron refuerzos de Sicilia y los otomanos abandonaron el asedio. Después de esto, se construyó una nueva capital en el monte Sceberras, con el nombre de La Valeta. En 1571, los Caballeros trasladaron su convento y su sede a la nueva capital, y Birgu perdió parte de su importancia. A pesar de ello, tras el asedio, Birgu recibió el título de Città Vittoriosaciudad victoriosa" en italiano.
Ha estado habitada desde el Neolítico Sus instalaciones marítimas se iniciaron en la Antigüedad, en torno a la época fenicia, hacia el 600 a.C. Antes del siglo XVIII, era conocida como Bormla, nombre que sigue en uso. Sus murallas de fortificación, se construyeron para proteger la ciudad y sus vecinas, Birgu e Isla. Bormla, con sus seis kilómetros de fortificaciones, alberga una impresionante iglesia parroquial con un oratorio repleto de obras de arte.
también se llama Civitas Invicta porque consiguió resistir la invasión otomana. La isla en la que se encuentra fue unida a Birgu por un puente de tierra en tiempos de los Caballeros de San Juan y, como resultado, adquirió forma peninsular. Durante la Segunda Guerra Mundial, Senglea sufrió intensos bombardeos que devastaron la mayor parte de la ciudad y mataron a muchos de sus ciudadanos. Isla alberga dos asombrosas iglesias (la de San Felipe y la de Nuestra Señora de las Victorias) y tiene un precioso jardín en su extremo con vistas a Grand Harbour, donde se puede encontrar un magnífico ejemplo de puesto de vigilancia gardjola.