Als erste Heimat der Johanniterritter im 16. und 17. Jahrhundert sind die Paläste, Kirchen, Festungen und Bastionen der Drei Städte viel älter als die von Valletta. Ihre Hafenbuchten werden bereits seit der Zeit der Phönizier genutzt. Der Grand Harbour war der Grund dafür, dass sich die Ritter in dieser Gegend niederließen. Der Handel und die Kontrolle des Hafens waren von enormer Bedeutung.
Phönizier, Griechen, Römer, Byzantiner, Araber, Normannen, die Anjou, die Aragonier und der Johanniterorden trugen zur Entwicklung von Birgu bei. Die Stadt wurde in den 1530er Jahren befestigt und in den 1550er Jahren in Vorbereitung auf einen Angriff durch das Osmanische Reich verstärkt. Dazu gehörte der Bau der Engelsburg, einer großen Festung, die durch einen schmalen Kanal von der Stadt getrennt war und das alte Castrum Maris ersetzte. Die Burg war über eine Zugbrücke mit der Stadt verbunden.
Birgu war Schauplatz großer Kämpfe zwischen den Rittern und dem Osmanischen Reich während der Großen Belagerung von Malta im Jahr 1565. Nach vier Monaten erfolgreicher Verteidigung durch die Ritter wurde die Stadt im August fast von der osmanischen Armee eingenommen, aber von den Rittern unter Großmeister Parisot de Valette zurückerobert. Einen Monat später traf Verstärkung aus Sizilien ein, und die Belagerung wurde von den Osmanen abgebrochen. Daraufhin wurde auf dem Berg Sceberras eine neue Hauptstadt gebaut, die den Namen Valletta erhielt. 1571 verlegten die Ritter ihr Kloster und ihren Sitz in die neue Hauptstadt, und Birgu verlor an Bedeutung. Trotzdem erhielt Birgu nach der Belagerung den Titel Città Vittoriosa, italienisch für "Siegreiche Stadt".
Sie ist seit der Jungsteinzeit besiedelt. Ihre maritimen Einrichtungen entstanden in der Antike um die Zeit der Phönizier (ca. 600 v. Chr.). Vor dem 18. Jahrhundert war die Stadt unter dem Namen Bormla bekannt, ein Name, der immer noch in Gebrauch ist. Die Festungsmauern wurden zum Schutz der Stadt und ihrer Nachbarn Birgu und Isla errichtet. Bormla mit seinen sechs Kilometer langen Befestigungsanlagen beherbergt eine beeindruckende Pfarrkirche mit einem Oratorium voller Kunstwerke.
wird auch Civitas Invicta genannt, weil sie der osmanischen Invasion widerstehen konnte. Die Insel, auf der Isla liegt, wurde während der Zeit der Johanniterritter durch eine Landbrücke mit Birgu verbunden, wodurch sie die Form einer Halbinsel erhielt. Während des Zweiten Weltkriegs wurde Senglea von schweren Bombardierungen heimgesucht, die den größten Teil der Stadt zerstörten und viele ihrer Einwohner töteten. Isla beherbergt zwei beeindruckende Kirchen (St. Philip's und Our Lady of Victories) und hat einen schönen Garten an der Spitze mit Blick auf den Grand Harbour, wo sich ein großartiges Beispiel für einen Gardjola-Wachposten befindet.